1年間に払った医療費が10万円（所得200万円未満なら所得の5%）を超えると、確定申告で医療費控除が受けられます。年収と医療費を入れると、戻ってくる所得税と翌年度に減る住民税がわかります。年収400万円で医療費20万円なら、合計15,100円の軽減です。
更新日：2026年11月5日 ／ 令和8年分（2026年）の所得税・2027年度の住民税で計算
東京都・協会けんぽ・39歳以下・独身・給与収入のみで計算。還付されるのは所得税、住民税は翌年度の税額が減ります。
医療費控除額＝（支払った医療費−保険金などで補てんされる金額）−10万円（総所得金額等が200万円未満なら総所得金額等×5%） ※上限200万円
軽減される税金は、控除額に「所得税率×1.021（復興特別所得税）」と「住民税10%」をかけた額が目安です。控除額が同じでも、所得税率が高い人ほど戻る額は大きくなります。
| 年収 | 医療費20万円 | 医療費50万円 |
|---|---|---|
| 年収300万円所得税率5% | 15,100円 | 60,400円 |
| 年収400万円所得税率5% | 15,100円 | 60,400円 |
| 年収500万円所得税率5% | 15,100円 | 60,400円 |
| 年収600万円所得税率10% | 20,200円 | 80,800円 |
| 年収800万円所得税率20% | 30,400円 | 121,700円 |
| 年収1000万円所得税率20% | 30,500円 | 121,700円 |
計算の前提：本業は給与（東京都・協会けんぽ・39歳以下・独身・賞与なし）で年末調整済み。社会保険料は本業の給与から計算し、所得税（復興特別所得税2.1%込み）と住民税（標準税率10%・均等割5,000円）は年収別手取りと同じ計算エンジンで令和8年分の制度により算出した概算です。
対象の市販薬（スイッチOTC医薬品など）の購入額が12,000円を超える場合、超えた分（上限88,000円）を控除できる特例です。健康診断や予防接種などの取組が条件で、通常の医療費控除とはどちらか一方しか選べません。令和8年度税制改正で、スイッチOTC医薬品分は期限が撤廃され、それ以外も2031年12月31日まで延長、対象品目の見直しは2027年分から適用されます。セルフメディケーション税制と医療費控除どっちが得？
「医療費控除額×（所得税率×1.021＋住民税10%）」が目安です。年収400万円の会社員が1年間に医療費20万円を払った場合、控除額は100,000円で、所得税5,100円が還付され住民税が10,000円減り、合計15,100円です。
総所得金額等が200万円未満の人は、10万円ではなく「所得×5%」を超えた分が控除の対象です。給与収入だけなら年収約297万円未満が目安で、たとえば年収200万円（給与所得126万円）なら63,000円を超えた医療費が対象になります。
会社員の還付申告は、対象の年の翌年1月1日から5年間提出できます。令和8年分（2026年に支払った医療費）は2027年1月1日から2031年12月31日まで申告できます。